水资源

全市天然水资源总量水平年为55亿立米，其中地表水34亿立米，地下水天然补给量21亿立米；可利用水资源总量为30.37亿立米，其中地表水17.44亿立米，地下水12.93亿立米。与全省平均情况的比较是：济宁市天然水资源每平方公里为44.50万立米，比全省平均值 21.17万立米多110.2％；人均占量740立米，比全省人均449立米多64.8％；可利用水资源每平方公里为27.04万立米，比全省平均15.29万立米多76.8％，人均可利用水量为449立米，比全省人均324立米多38.7％。

生物资源

济宁市动植物种类丰富。全市高等植物，包括农作物、蔬菜、木要、花木(卉)、绿肥和牧草、药用植物和野生经济植物等总计有127科904种。主要农作物有小麦、水稻、玉米、甘薯、棉花，其中被定为山东名产的当地品种有：曲阜香稻、鱼农一号水稻、金谷和泗水小杂豆。林木群落情况是：济宁市属暖温带落叶阔叶林区，但也有不少南、北方植物种类的引入。现在的森林植被类型有：落叶阔叶纯林、针叶混交林、针叶林等，而且基本上都是人工林。常见的树种有：杨、柳、榆、槐、泡桐、苦楝、臭椿及松、柏等，还有苹果、梨、桃、山楂、石榴等树种。济宁市的林木中，还不乏古树、珍木、名果，主要分布在庙宇。另外还有些珍稀树种，如柘树、柴藤、榔榆、皂角、青檀、黄檀、乌柏等等。全市药用植物计92科357种，其中栽培药材 80多种。在全国要求普查的363种药材中，济宁市就有151种之多。全市的动物种类也比较多，饲养动物有30多种，水生鱼类78种，软体动物36种。饲养的畜禽主要有牛、马、驴、骡、猪、羊、兔、鸡、鸭、鹅十大类群，还饲有一定数量的貂和鹌鹑。鱼类资源也很丰富，共有淡水鱼类8目15科55属82种。其中鲤鱼种类居多，有50种。其中鲤鱼、鲫鱼、中南鱼、罗非鱼为济宁市的四大经济鱼类，另外还有虾蟹类和贝类等。这些鱼虾蟹贝类最主要的分布区是微山湖。济宁市鸟类共有201种，包括留鸟、夏侯鸟、冬候鸟、旅鸟等。既有肉质鲜嫩的雁鸭类，如绿头鸭、绿翅鸭，也有昆虫天敌的鸟类130多种，还有以腐烂动物尸体为食的“清洁工”大嘴乌鸦，以及体态优美、羽毛艳丽的观赏鸟类和属于国家保护的珍禽，如小云雀、凤头百灵、丹顶鹤、白鹤、大小天鹅、鸳鸯等。在微山湖区，水鸟数量居全省首位。

矿产资源

济宁矿产资源丰富，已发现和探明储量的矿产有70多种。以煤为主，其次为石灰石、石膏、重晶石、稀土、磷矿、铁矿石、铜、铅等。全市含煤面积4826平方公里，占全市总面积的 45％，估计储量以上的为178亿吨，主要分布于兖州、曲阜、邹城、微山等地。经勘探预测，全市煤储量 260亿吨，占全省的50％，为全国重点开发的八大煤炭基地之一。主要含煤地层都在10层以上，可采厚度左右，不仅储量大，而且煤质优良，易于开采。稀土矿，位于微山县塘湖乡郗山，已探明大小矿脉60余条，地质储量1275万吨，在国内仅次于内蒙古的白云鄂博矿。铁矿分布于汶上县李官集和泗水县北山，铜矿分布在泗水县境内北孙徐和小富庄，铅矿分布于汶上县毛村。这些矿储量小，品位低，有的埋藏较深，开采不易，因此仅具有远景意义。